1、測定-分子量、PI

　　當目標蛋白的物理特性如分子量、PI等都不清楚時，可用PAGE電泳方法或層析方法加以測定。分離范圍廣闊的SuperoseHR預裝柱很適合測定未知蛋白的分子量。用少量離子交換介質在多個含不同PH緩沖液的試管中，可簡易地測出PI，并選擇純化用緩沖液的佳PH。

　　2、選擇-層析方法

　　若對目標蛋白的特性或樣品成分不太了解，可嘗試幾種不同的純化方法：

　　一]使用通用的凝膠過濾方法，選擇分離范圍廣闊的介質如Superose、SephacrylHR依據分子量將樣品分成不同組份。

　　二]用含專一配體或抗體的親和層析介質結合目標蛋白。亦可用各種活化偶聯介質偶聯目標蛋白的底物、受體等自制親和介質，再用以結合目標蛋白。一步即可得到高純度樣品。

　　三]體積大的樣品，往往使用離子交換層析加以濃縮及粗純化。高鹽洗脫的樣品，可再用疏水層析純化。疏水層析利用高鹽吸附、低鹽洗脫的原理，洗脫樣品又可直接上離子交換等吸附性層析。兩種方法常被交替使用于純化流程中。

　　3、純化-大量粗品

　　處理大量原液時，為避免堵塞柱子，一般使用sepharosebigbeads、sepharoseXL、sepharosefastflow等大顆粒離子交換介質。擴張柱床吸附技術利用多種STREAMLINE介質，直接從含破碎細胞或組織萃取物的發酵液中俘獲蛋白。將離心、超濾、初純化結合為一。提高回收率，縮短純化周期。

　　4、純化-硫酸氨樣品

　　硫酸氨沉淀方法常被用來初步凈化樣品，經處理過的樣本處于高鹽狀態下，很適合直接上疏水層析。若作離子交換，需先用SephadexG-25脫鹽。疏水層析是較新技術，隨著介質種類不斷增多，漸被融入各生產工藝中。利用HitrapHICTestKit和RESOURCEHICTestKit可在八種疏水介質中選擇適合介質及佳的純化條件。低鹽洗脫的樣品可稍加稀釋或直接上其它吸附性層析。

　　5、純化-糖類分子

　　固化外源凝訂素如刀豆球蛋白、花生、大麥等凝集素，可結合碳水化合物的糖類殘基，很適合用作分離糖化細胞膜組份、細胞、甚至亞細胞細胞器，純化糖蛋白等。兩種附上外源凝集素的Sepharose6MB親和層析介質，專為俘獲整個細胞或大復合物，如膜囊等。